我國畜牧業綜合生產能力顯著增強，畜產品總產量大幅提升，畜禽產品結構逐步優化，畜牧飼養模式已由低生產力的農戶散養模式向高生產力的集約化養殖模式轉變，形成了區域化的畜禽生產布局。但畜禽養殖污染防治工作起步晚，起點低，管理基礎薄弱，與規?；笄蒺B殖的快速發展嚴重脫節。自2007年太湖藍藻事件發生以來，水危機引起了黨中央、國務院的高度重視以及社會各界的廣泛關注，畜牧業與環境保護之間的矛盾日益突出，畜禽養殖污染成為農業面源污染以及水環境污染的重要內容。

目前，畜禽養殖的規模參差不齊，小規模及散養養殖仍占有相當大的比重，造成污染治理的難度加大。同時區域之間畜禽養殖量差異性極大，現有土地的載畜量極其不平衡。如太湖流域單位耕地面積標準生豬載畜量為0.036頭/hm2，養殖總量總體合理，但區域養殖量不平衡，部分地區單位耕地面積載畜量已遠遠超出標準，造成局部畜禽污染嚴重。而根據各級糞污治理項目來看，糞污處理設施建設多以沼氣工程、三分離一凈化、發酵床為主要內容，但都存在局限性，不能徹底解決糞污問題。如沼氣工程缺乏后處理，有利于農作物生長的沼液和改善土壤的沼渣若利用不當會嚴重污染農田和土壤，且大多養殖場重建輕管，設施運行易發故障;凈化設備需24h運行,耗電大，運行成本高;發酵床占地面積大，不適宜土地緊張的蘇南地區等。同時，污染防治設施的建設和運行成本讓多數養殖場無力承擔，“達標排放”模式不但很難解決畜牧業

環境污染問題，還會對畜禽糞便資源造成浪費。